Lão Tử Hóa Hồ Kinh ra đời, làm nảy sinh một đại công án tôn giáo kéo dài gần 1000 năm. Bên Đạo giáo cố gắng chứng minh rằng Đạo giáo có trước Phật giáo, và Lão Tử hóa thành Phật mở đạo Phật tại Ấn Độ. Họ sáng tác thêm một số tác phẩm để bênh vực quan điểm như: Huyền Diệu Nội Thiên, Xuất Tái Ký, Quan Lệnh Doãn Hỉ Truyện, Văn Thủy Nội Truyện, Lão Quân Thiên Khai Kinh, v.v. Bên Phật giáo ngoài việc chứng minh sự việc Hóa Hồ Kinh là hư ngụy, họ còn sáng tác những quyển như Chu Thư Dị Ký, Hán Pháp Bản Nội Truyện... chứng minh rằng Phật Thích Ca là sư phụ của Khổng Tử và Lão Tử. Đến đời Đường Cao Tông, và sau là thời Vũ Chu (thời Võ Tắc Thiên xưng đế, đổi quốc hiệu là Chu), chư tăng xin triều đình cấm và hủy bỏ Hóa Hồ Kinh. Mặc dù bát đại học sĩ tâu rằng kinh này không có gì tà ngụy nhưng triều đình cũng hai lần hạ lệnh đốt bỏ (dưới triều Cao Tông và dưới triều Vũ Hậu). Nhưng bấy giờ mệnh lệnh không nghiêm, Hóa Hồ Kinh vẫn tiếp tục lưu hành. Đến đời Nguyên, dưới triều vua Hiến Tông (tại vị 1251-1260) và Thế Tổ (tại vị 1260-1295), Toàn Chân đạo xâm chiếm chùa miếu và điền sản của Phật giáo. Phật giáo lại đem Lão Tử Hóa Hồ Kinh ra tố cáo là ngụy kinh. Thêm một lần nữa Phật giáo và Đạo giáo lại tranh luận kịch liệt. Năm thứ 8 (tức 1259) vua Hiến Tông và năm Chí Nguyên 18 (tức 1282) vua Thế Tổ, Toàn Chân đạo hai lần biện luận đại bại, và Nguyên triều hai lần hạ lệnh đốt bỏ đạo kinh. Lão Tử Hóa Hồ Kinh từ đó bị đốt mất. Chính Thống Đạo Tạng và Vạn Lịch Tục Đạo Tạng đời nhà Minh đều không ghi chép Hóa Hồ Kinh.